Eine höchst aktuelle Bedeutung für die Umweltüberwachung besitzen höhere Pflanzen als Indikatoren für Schadstoffbelastungen. Als Wirkungskriterien kommen hierbei neben morphologisch-anatomischen sowie physiologischen und biochemischen Veränderungen die Schadstoffakkumulation, Wuchsdepressionen und Änderungen in Aufbau und Zusammensetzung von Pflanzengemeinschaften in Betracht. Bei der Auswahl von Indikatorpflanzen für Immissionsbelastungen haben neben besonders empfindlichen auch weitgehend resistente Arten Bedeutung erlangt. Während erstere einen hohen Zeigerwert besitzen, gestatten letztere den Nachweis immissionsbedingter Schadstoffanreicherungen und damit die Erfassung mittelbarer Gefährdungen über die Nahrungskette. Reaktions- und Akkumulationsindikatoren werden entweder unter standardisierten Verfahren im Untersuchungsgebiet exponiert (aktives Monitoring) oder es werden Untersuchungen an angebauten Kulturpflanzen bzw. an der spontanen Vegetation durchgeführt (passives Monitoring). Da von Art und Intensität immissionsbedingter Wirkungen an Einzelorganismen nicht unmittelbar auf die Belastung von Ökosystemen geschlossen werden kann, werden zur Ergänzung der Bioindikationsmethoden auf der Grundlage einzelner Arten ökosystemorientierte Untersuchungen erforderlich.

Neben ihrer Eignung von Monitor- und Testorganismen besitzen höhere Pflanzen eine Bedeutung als Zeigerarten, die durch ihr Vorkommen oder Fehlen bzw. durch ihre Zu- und Abnahme Hinweise geben auf die Intensität bestimmter ökologischer Faktoren oder das Wirken von Faktorenkombinationen. Hierdurch werden Aussagen über den Zustand sowie über Veränderungen von Ökosystemen möglich, die für verschiedene planerische Fragestellungen, beispielsweise die Ausweisung und Überwachung ökologischer Vorranggebiete, von Bedeutung sind.

Darüber hinaus stellen höhere Pflanzen als Bioindikatoren wichtige Bausteine dar zur Entwicklung eines systematisch aufgebauten Monitoring-Systems für den Naturschutz. Sowohl die Indikatoren von Schadstoffbelastungen durch aktives und passives Monitoring als auch die Verwendung höherer Pflanzen bzw. ihrer Gemeinschaft als Zeiger für Umweltveränderungen spielen hierbei eine unverzichtbare Rolle.